矿物质缺乏的表现及其后果已在动物和人体方面积累了许多资料，其缺乏的原因复杂多样，大致归纳如下：
原发性缺乏的产生主要由于摄人食物中必需矿物质含量不足。矿物质缺乏常见于幼小动物、生长发育迅速的儿童、妊娠、哺乳期妇女及某些疾病消耗过多，或运动量过大，劳动强度过大等，长期肠道外营养亦是导致矿物质缺乏的重要原因。
继发性缺乏则是食物中必需矿物质尚充足，但机体仍出现矿物质缺乏情况，可见于下列原因。
遗传因素和生理缺陷的影响。如肠源性肢体皮炎系常染色体隐性遗传性疾病，患者因肠黏膜细胞的主动载体介导系统缺陷，故正常锌需要量增加。卷发综合征系隐性遗传性缺铜，患者小肠黏膜细胞含铜量高，但动用、转运铜有生化缺陷，增加铜盐补充有一定疗效。先天性运铁蛋白缺乏症因铁利用和转运障碍而致顽固性缺铁性贫血。
一般说来，矿物质的体内浓度以反馈形式调节其消化道吸收。若体内存在遗传性或获得性生理生化缺陷，则将影响有关矿物质的吸收、利用和排泄，造成某矿物质的缺乏或过剩，又如三低综合征、肝豆状核变性、铁利用障碍性贫血等疾病，均属于此类。
药物对矿物质吸收的影响也是其中重要因素，如多价磷酸盐、青霉胺、四环素、避孕药等，由于这些药物能与某些矿物质形成络合物或难溶性复合物而影响其吸收。比如可与锌、铜等金属形成络合物，干扰锌吸收或增加尿铜的排泄量。
此外像食物成分与矿物质的相互作用也可能造成矿物质缺乏。不同食物中矿物质生物利用度各异，动物蛋白中锌、铁吸收一般较植物蛋白为高。人乳中锌、铁含量虽比牛奶低，但吸率比牛奶高。植物中植酸和纤维可致某些矿物质缺乏。
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